Фонд на постоянной основе осуществляет взаимодействие с федеральными структурами. Обсуждаются вопросы федерального финансирования инвестиционных проектов автономного округа, актуальная проблематика в сфере создания и развития промышленной инфраструктуры, ведется индивидуальная работа по отдельным крупномасштабным проектам.
Кроме того, Фонд взаимодействует с финансовыми институтами, крупными институциональными инвесторами и ведущими консалтинговыми компаниями России. Проекты прорабатываются Фондом с учетом постоянного анализа фактической ситуации на рынках капитала, макроэкономического положения отдельных сфер экономики.